Otra de las comunidades con un rol importante en la estructura y funcionamiento
de un ecosistema acuático como la laguna de Bragado es el bentos, que reúne a todos los organismos que viven en el fondo, apoyados sobre él o enterrados. 
Gran parte de los individuos pertenecientes al bentos, aprovechan como alimento
los cuerpos sedimentados provenientes de otras comunidades. Su rol ecológico
principal es el de descomponedores y detritívoros, particionando, desintegrando y
transformando la materia orgánica en inorgánica, dejándola disponible como
nutrientes para los productores (macrófitas o fitoplancton).
Los componentes del bentos al igual que lo acotado sobre el plancton, pueden
identificarse como microbentos, con organismos de talla reducida tales como
hongos, bacterias, protistas y como macrobentos, conformado por diferentes grupos
de invertebrados, por ejemplo artrópodos y anélidos.