Desde el punto de vista productivo, la laguna de Bragado es un sistema naturalmente eutrófico, como resultado de variables internas y externas, y de un mayor contacto entre el agua y los sedimentos, dados por la profundidad.Su estructura y funcionamiento son generalmente explicados por su geomorfología, régimen climático, fisicoquímica del agua, cuestiones biológicas, drenajes ubicados en suelos y por las modificaciones realizadas por el hombre en el uso de la tierra. En cuanto al color de sus aguas, la laguna puede ser verde, debido a la clorofila presente en las algas del fitoplancton, de coloración marrón, vinculada a la presencia de ácidos húmicos, fúlvicos y material inorgánico en suspensión, o de aguas claras por ausencia de sólidos en suspensión tanto orgánicos como inorgánicos.